سلجوقیان پس از به‌دست گرفتن قدرت، قلمرو پهناور خود را میان اعضاى خانواده تقسیم کردند و حمایت آنها از هنر و ادبیات و علوم، بیشتر از حمایت خلفاى عهد کهن بود. سلطان ملک‌شاه سلجوقى از حکیم عمرخیام حمایت مى‌کرد و وزیر او خواجه نظام‌الملک مدرسه‌هاى نظامیهٔ بغداد و نیشابور را تأسیس کرد. سلطان سنجر به موسیقى دلبستگى بسیار داشت. سلطان محمود از نظریه‌پرداز موسیقى و دانشمند معروف ابوالحکم‌الباهلى حمایت مى‌کرد.
در دورترین نقاط شرقى خلافت، سرزمین‌هاى تحت تصرف سامانیان به‌دست ایلخانیان ترکستان (۹۳۲-۱۱۶۵ م.) و غزنویان افغانستان (۹۶۲-۱۱۸۶ م.) افتاده بود. غزنویان به اندازهٔ سامانیان، رهبران برجستهٔ فرهنگ و ادب ایران بودند. در اواسط قرن دوازدهم، غوریان جاى غزنویان را گرفتند و آنها نیز حمایت خود از علوم و هنرها را ادامه دادند.
با هجوم اقوام مغول لطمهٔ بزرگى بر پیکر تمدن و فرهنگ و هنر ایران وارد آمد که در تاریخ ایران مانند ندارد. در این میان موسیقى نیز از مسیر طبیعى خود منحرف شد و آهنگ شادى‌بخش آن به ناله‌هاى جانسوز بدل شد. روح نشاط و شادى و امید در مردم کشته شد و یأس و دل‌مردگى جانشین آن گردید. اما با همهٔ اینها قوم وحشى و خونخوار مغول نتوانست چراغ فروزان تمدن و فرهنگ و هنر ریشه‌دار این ملت کهن را یکسره خاموش کند و به‌هرحال این دورن چون ادامهٔ سده‌هاى درخشان نهضت علمى و ادبى و هنرى ایران و اسلام است، از معتبرترین دوره‌ها به‌شمار مى‌رود. در ایران نیز، گروهى از بزرگان علم و ادب و هنر، کانون تمدن و فرهنگ و هنر ایران را گرم نگه داشتند و آنچه از گذشته به‌ارث برده بودند به آیندگان انتقال دادند. از میان این مشعل‌داران مولانا جلال‌الدین محمد بلخى معروف به مولوى (۶۷۲-۶۰۴ هـ.ق.) بود. شاعر دیگر این دوره فخرالدین ابراهیم همدانى (متخلّص به عراقی) نیز از بزرگان عرفا و هنرمندان شاعر ایران است که در موسیقى دست داشته است.
به‌طورکلى در دورهٔ استیلاى مغول وجود عرفا و متصوّفه از عوامل مهم حفظ و انتشار موسیقى بود. از مراسمى که در خانقاه‌ها معمول بود سماع اغانى صوفیانه و عاشقانه و پاى‌کوبى و دست‌افشانى بود. سماع و رواج آن در خانقاه‌ها در تاریخ موسیقى ایران داراى کمال اهمیت است و از عوامل مؤثر در حفظ و رواج موسیقى ایران در برابر فقها و متشرعینِ قشرى و مخالفین موسیقى بود. صوفیه نه تنها به موسیقى و رقص توجه داشتند بلکه در حفظ و رواج هنرهاى زیبا و مسائل مربوط به زیبایى که پاره‌اى از آنها مانند نقاشى و مجسمه‌سازى در اسلام ممنوع بود نیز کوشا بودند. دانشمندان و نویسندگان کتاب‌ها و رساله‌هاى موسیقى در دورهٔ مغول عبارتند از: خواجه نصیرالدین طوسى (۶۷۲-۵۹۷ هـ.ق.)، صفى‌الدین ارموى (۶۹۳-۶۱۳ هـ.ق.)، محمود بن ابى‌بکر شروانى (سده هفتم هجری)، عبدالمؤمن اصفهانى (سده هفتم هجری)، محمدشاه ربابى (سدهٔ ۷ و ۸ هجری)، قطب‌الدین شیرازى محمود بن مسعود بن مصلح (۷۱۰-۶۳۰ هـ.ق.)، شمس‌الدین محمد بن محمود آملى (سدهٔ ۷ و ۸ هجری).
از مرگ آخرین خان مقتدر مغول تا ظهور امیر تیمور، سلسله‌هاى تازه‌اى از تجزیه دولت مغول روى کار آمد. این سلسله‌ها هر یک براى خود دربارى داشتند که مرکز تجمع شاعران و هنرمندان بود. این سلسله‌ها یا به‌دست یکدیگر منقرض شدند یا امیرتیمور گورکانى اساس دولت آنان را برچید.
تیمور به خصوصیات چنگیز را در رعایت عدالت و قانون و نظم و اداره کشورهاى مفتوحه داشت و نه مانند او از تعصب مذهبى عارى بود. با این همه وى به سمرقند پایتخت خود توجه فراوان داشت. دانشمندان و صنعتگران و هنرمندان را از سراسر قلمرو حکومت او به سمرقند گسیل داشت و به اهمیت و اعتبار آن شهر افزود و در آبادانى و توسعه آن کوشید.
امیرتیمور به شعر و ادب و موسیقى بى‌توجه نبود و با ثروت فراوانى که به‌دست آورده بود در اواخر عمر، اوقات خود را به برگزارى مجالس عیش و سرور و خوردن شراب و نوشیدن و شنیدن ساز و آواز مى‌گذراند. پس از مرگ تیمور بین دو پسر او، میران‌شاه و شاهرخ و نوادگان او جنگ در گرفت. اما آنها با وجود گرفتارى‌ها و کشمکش‌ها از شاعران و هنرمندان حمایت مى‌کردند و دربار آنان محل گرد آمدن شاعران و هنرمندان بود و شعر و هنرهاى زیبا رواج و رونق گرفت.
موسیقى‌دان برجستهٔ عصر تیموریان عبدالقادر مراغى (۸۳۸-۷۵۴ هـ.ق.) است. وى تألیفات متعدد پرارزشى در موسیقى دارد. از جمله، جامع‌الالحان، مقاصدالالحان و … . نورالدین عبدالرحمن بن عبدالقادر مراغى و عبدالعزیز مراغى دو فرزند عبدالقادر مراغى و نیز نوهٔ وی، محمد مراغى از موسیقى‌دانان زمان خود بودند.
موسیقى‌دانان سدهٔ هشت و نه و آغاز سدهٔ ده هجرى عبارتند از: خواجه رضى‌الدین رضوان‌شاه، خواجه قل محمد میچکى (سدهٔ نه هـ.)، مولانا محمد کاخکى قهستانی، حافظ شیرازی، حافظ محمود خوارزمی، امیر خضر مالى قرمانى مولوی، خواجه ابوالوفاى خوارزمی، خواجه یوسف برهان جامی، میرزا على چنگى هروی، خواجه محمد کنک، خواجه یوسف اندکانی، خواجه شهاب‌الدین عبدالله مروارید، امیر شاهى سبزواری، على‌شاه جامی، مولانا حسن کوکبی، حافظ شربتی، حافظ باباجان، نورالدین عبدالرحمن جامی، جلال‌الدین محمد دوانی، نصیرالدین بن‌العجمی، صاحب بلخی، خواجه ابوالوفاى خوارزمی، پهلوان محمد ابوسعید، کمال‌الدین حسین واعظ بیهقی، زین‌الدین محمود واصفى هروى و … . از خوانندگان این دوره نیز مى‌توان: حافظ بصیر، حافظ میر، حافظ حاجی، حافظ حسن علی، شاه‌محمد خواننده، حافظ تربتی، حافظ چراغ‌دان، ملاخواجه خواننده و … . و از نوازندگان این دوره مى‌توان به استاد حسن نایی، استاد حسن بلبانی، استاد على خانقاهی، استاد محمدی، استاد حاجى کهستى نایی، استاد سید احمد غجکی، استاد على کوچک طنبورى و … .
